Начнём с того, что прописка давно отменена, есть регистрация. Регистрация не имеет никакого отношения к праву собственности, поэтому в этом смысле Ваша сестра может спать спокойно. Но! если она решит продать свою квартиру или взять кредит под заставу жилья, возникнут большие проблемы. При продаже нотариусу необходимо подавать справку из ЖЕКа о регистрации и если есть в квартире зарегестрированные малолетние или несовершеннолетние дети, необходимо будет брать разрешение опекунского совета на продажу. В свою очередь опекунский совет потребует купить на ребёнка взамен жильё. С ипотекой (заставой жилья) таже история, с той разницей, что опекунский совет в данном случае вообще не имеет прова давать разрешение.
Так, что о своём праве собственности Ваша сестра может не переживать, никто кроме собственников на неё претендовать не может, а вот проблемы с оформлением некоторых документов возникнуть могут.